Histoire
Avec le réchauffement des relations entre de grandes nations telles que les États-Unis, l'URSS et la Chine, les conflits régionaux
se réglaient plus facilement, débouchant ainsi vers une résolution, et le monde était sur le point d'entrer dans une ère de stabilité. À la fin des années 90, l'âge de la guerre nucléaire prenait fin, et un nouveau siècle de stabilité, le XXIe siècle, se levait à l'horizon.
Cependant, certains ne défendaient pas la paix : les conflits fermentaient au Moyen-Orient.
Un régime militaire s'était établi au Zanzibar, petite nation voisine de l'URSS, de la Chine et du Moyen-Orient. Le Zanzibar menait des raids dans le monde entier, recherchant les dépôts d'armes nucléaires devant être désarmés et s'emparant des autres. Devenu le seul pays nucléarisé, le Zanzibar a commencé à envahir ses voisins sans discrimination. Dans un monde dénucléarisé, le Zanzibar devenait une menace. Le risque d'une guerre nucléaire revenait sur le devant de la scène dans un monde qui avait renoncé à ses armes nucléaires.
Pendant ce temps, les gens disaient que les ressources en pétrole tiendraient encore 30 ans, mais elles diminuaient bien plus rapidement qu'anticipé. Sans autre possibilité sécurisée pour remplacer le pétrole, le monde faisait face à une crise énergétique sans précédent. Au milieu de tout cela, un biologiste tchèque, le Dr Kio Marv, a découvert un microbe (une algue microscopique) appelé OILIX qui pouvait
raffiner le pétrole à un état de pureté très élevé. Les tensions s'élevaient à nouveau dans le monde pour cet OILIX. Mais lors d'un voyage pour se rendre à un congrès académique aux États-Unis, le Dr Marv a été kidnappé par le Zanzibar.
Par le biais des armes nucléaires et de l'OILIX, le Zanzibar tente d'assurer sa domination militaire. Le destin du monde repose désormais sur un microbe mesurant à peine quelques microns.
Ancien agent de FOXHOUND, Solid Snake a une mission top-secrète :
S'infiltrer en Zanzibar seul pour libérer le Dr Kio Marv !
Et sauver le monde de la menace nucléaire !!

